Секреторная деятельность желудка регулируется центральной нервной системой через функцию вегетативной нервной системы. Большое значение имеют рефлекторные воздействия с различных отделов пищеварительного тракта, а также с других органов, например желчного пузыря и яичников. О значении условно рефлекторной деятельности свидетельствуют опыты на собаках с мнимым кормлением. В регуляции секреторной деятельности желудка участвуют также гормоны, в частности гастрин, вырабатываемый стенкой желудка при соприкосновении ее с пищей (нервно-химическая фаза секреции).
В желудке могут наблюдаться нарушения секреторного и моторного характера. Выпадение пищеварительной функции желудка или отдельных его частей не вызывает гибели организма, но отражается на пищеварении. После удаления желудка особенно страдает переваривание белков волокнистой ткани, которая набухает и растворяется только в желудочном соке.