В тонком кишечнике микробов мало, в толстом - много. В нижнем отделе тонких кишок и верхнем отделе толстой кишки преобладают бактерии, принимающие участие в процессах брожения. При этом образуются молочная, уксусная и масляная кислоты, углекислота и метан. Флора кишечника служит для расщепления клетчатки и создает возможность усвоения ее. Микроорганизмы синтезируют также некоторые витамины, например витамин К, парааминобензойную кислоту, аневрин, биотин, фолиевую кислоту. В толстом кишечнике содержатся В. coli, В. lactis aerogenes и некоторые другие. В толстых кишках имеются анаэробы, участвующие в процессах гниения, которым подвергаются белковые вещества.
Содержимое различных отделов кишечника в соответствии с характером совершающихся в них процессов брожения и гниения отличается токсическим действием, выраженным в различной степени. Так, наиболее ядовито действует содержимое толстых кишок. Отравление животного после внутривенного введения вытяжек из содержимого толстых кишок наступает в 2 - 3 раза быстрее, чем после введения вытяжек из содержимого нижнего отдела тонких кишок. Отравление продуктами гниения сопровождается падением кровяного давления. В организме отравления не происходит благодаря барьерным свойствам кишечной стенки и печени.
Характер пищи нередко определяет флору кишечника в различных его отделах. Взаимоотношения, существующие между желудочной и кишечной секрецией, несомненно, имеют значение в регуляции флоры кишечника. Вследствие выпадения, например, желудочного пищеварения (дезинфицирующей роли желудочного сока) или желчеотделения количество микроорганизмов в кишечнике значительно возрастает.
При нарушениях пищеварения могут иметь место изменения процессов брожения и гниения. Брожение сопровождается расщеплением углеводов с образованием кислот, тогда как гниению подвергаются белковые и другие азотистые вещества. Оба эти процесса совершаются и в нормальном организме. Но в патологических условиях они проявляются сильнее и притом в таких отделах кишечника, где в физиологических условиях они не возникают, например в верхнем отделе тонкой кишки.
В гидролитическом расщеплении белков принимают участие В. coli, proteus, putrificus.
Продукты гниения, всасываясь и попадая в печень, обычно обезвреживаются ввиду образования парных соединений. Но в патологических условиях они могут накапливаться в столь значительном количестве, что печень не в состоянии их обезвредить. Среди этих веществ особо необходимо отметить некоторые ароматические соединения, образующиеся из аминокислот путем отщепления аммиака и дальнейших превращений (фенол, крезол, скатол, индол). Декарбоксилирование аминокислот ведет к образованию ряда аминов: путресцина, кадаверина, гистамина, тирамина и др.
Указанные вещества, всасываясь, могут вызывать явления "кишечной аутоинтоксикации" (самоотравления). Это особенно проявляется в том случае, если не только увеличены образование и всасываемость продуктов гниения (например, при воспалении слизистой), но и ослаблена перистальтика кишок, развивается метеоризм, понижена барьерная роль печени и снижена выделительная способность почек.
Явления острой интоксикации могут возникать при непроходимости кишок. В таком случае она влечет за собой нарушение обмена веществ, нередко расстройства функции нервной системы. Общее самочувствие становится плохим, появляются головные боли, повышенная раздражительность, бессонница, наблюдаются отсутствие аппетита и похудание.
В настоящее время придерживаются другого взгляда на происхождение явлений, приписываемых аутоинтоксикации. Полагают, что они возникают в результате рефлексов, вызываемых с ненормально растянутого газами кишечника.