Совершенствованию анатомических знаний посвятили свою деятельность не только ученики П. А. Загорского, но и московские анатомы - И. Е. Грузинов, Е. О. Мухин, И. С. Быстров. В этот период издавались новые учебники по анатомии, организовывались музеи при кафедрах, в которых изготавливались и хранились ценные анатомические препараты. В Московском университете изучение и преподавание анатомии стояло на достаточно высоком уровне благодаря стараниям X. И. Лодера и, особенно, Е. О. Мухина - прекрасного анатома, автора нескольких руководств и организатора анатомического музея при кафедре. Он первый применил замораживание при изучении анатомических структур, в частности слизистых и синовиальных сумок, опубликовав небольшую монографию под необычным названием "Наука о мокротных сумочках" (1815). Е. О. Мухин был сторонником функциональной анатомии. Он считал, что задача анатомии не только описать "вид, положение, разделение, устроение, связь, цвет, механизм", но и показать "действие и пользу от какой-либо части тела происходящую". Он считал, что в основе успехов лечения и хирургической техники лежат анатомические знания врача. Не случаен эпиграф к "Курсу анатомии" Е. О. Мухина: "врач не анатом не только бесполезен, но и вреден". Этот учебник объемом 1000 страниц вышел в свет в 1812 г., накануне нашествия войск Наполеона. Во время пожара 1812 г. сгорели все экземпляры и рукопись. Однако Е. О. Мухин восстановил текст и в 1815 г. книга была издана снова. В актовой речи "О месте и деятельности ощущения" Е. О. Мухин сосредоточил внимание на организме как целом, указывая, что тело является совокупностью органов, находящихся в динамической связи между собой через посредство нервов. Исследуя процесс передачи ощущений от периферии к центрам, он установил, что функции органов чувств, движения, кровообращения и секреции зависят от деятельности головного мозга, а возникновение болезней - от состояния нервной системы.
Занятия анатомией Е. О. Мухин совмещал с большой лечебной работой, он руководил Голицынской больницей в Москве. Кроме того, в 1808 г. он был избран профессором кафедры анатомии и физиологии Московской Медико-хирургической академии, где организовал анатомический театр, создал музей, добился стабильности преподавания.
Московская Медико-хирургическая академия была открыта в 1800 г. на базе Генерального госпиталя, при котором до этого существовало медико-хирургическое училище. Здание Академии в 1812 г. сгорело. Е. О. Мухин восстановил кафедру анатомии и возглавлял ее до 1817 г. Ему же было поручено восстановление кафедры анатомии Московского университета с 1813 по 1818 гг., когда на место заведующего кафедрой был назначен проф. X. И. Лодер.
Уход Е. О. Мухина из Университета и из Медико-хирургической академии нельзя считать полностью добровольным. Е. О. Мухин поощрял патриотические тенденции в науке, как и его друг крупный терапевт М. Я. Мудров. Опора царского правительства на верноподданное иностранное чиновничество вызывала отрицательное отношение Е. О. Мухина. Он даже противопоставлял анатомической терминологии, несшей на себе влияние греко-латинских терминов, пуристическую, русскую терминологию. Отсюда такие слова, как "костесловие" вместо "остеология", "мышцесловие" вместо "миология" и т. п.
После ухода из Университета Е. О. Мухина в анатомическом кабинете Медико-хирургической академии насчитывалось 1217 препаратов, а также тератологическая коллекция. Украшением Академии был зоотомический кабинет, имевший 283 натуральных пособия по сравнительной анатомии [Прейсман А. Б., 1961]. И это было естественно, так как Академия готовила также ветеринарных врачей. Из прозекторов кафедры анатомии профессорами стали И. С. Быстрое - автор учебника анатомии (1842) и Е. Ф. Аристов, избранный впоследствии (с 1827 г.) профессором Казанского университета. В 1845 г. Московская Медико-хирургическая академия была закрыта.
В первой половине XIX века "еще нет резкой границы между анатомом и физиологом и первый довлеет над вторым..." [Коштоянц X. С, 1946]. Тем не менее в Тартуском университете в 1821 г. впервые произведено разделение кафедр анатомии и физиологии. Накопление фактов свидетельствовало, что к наукам должен быть также дифференцированный подход. В философии в это время еще проявлялась натурфилософская путаница.
Но дань натурфилософии в России была ничтожной. Преемниками материалистических традиций М. В. Ломоносова - А. Н. Радищева в XIX веке стали революционные демократы - А. И. Герцен, В. Г. Белинский, Н. А. Добролюбов, Н. Г. Чернышевский, Д. И. Писарев. "Письма об изучении природы" (1843) А. И. Герцена означали крутой перелом в философском вооружении передовых русских ученых. В. Г. Белинский подчеркивал несостоятельность физиологии, не знающей о существовании анатомии. Строение тела должно было изучаться как процесс, как живое воплощение материальных преобразований под влиянием факторов внешней среды.
В то самое время, когда А. И. Герцен писал свои замечательные философские труды, философы, подпиравшие трон, тоже ратовали за изучение "философии". Примером может служить речь Н. Иванова "О необходимости содействия философии" (Казань, 1843). Оратор уповал на философию, всецело обращенную на "созерцание идеалов прекрасного, благого, истинного" (с. 27), которая не должна нисходить до нужд практики (с. 26).
Врач И. Я. Замятин, читавший курс истории медицины в Московской Медико-хирургической академии, в книге "Анатомия, физиология и психология человека", изданной в Москве в 1848 г., писал, что человек имеет происхождение божественное, жизненный узел его завязан богом. Религиозная одержимость автора зашла так далеко, что он закрыл глаза на все достижения неврологии и соглашался признать за нервами только функцию распространения невещественной силы от невещественной души. Впрочем, он шел еще дальше, оценивая как бесполезные большинство новых открытий в медицине (с. 43). Некто Д. Ковальский в 1857 г., в канун опубликования работы И. М. Сеченова "Рефлексы головного мозга" (1863), призывал игнорировать познание "всех снарядов живого организма" и тогда "материя станет для нас чистым отвлечением, такой же идеей, как идея о духе".
Профессорам Казанского университета вменялось в обязанность "принять все меры, дабы отвратить то ослепление, которому многие из знатнейших медиков подверглись от удивления превосходству органов и законов животного тела нашего, впадая в гибельный материализм"*.
* (Университеты России в первой половине XIX века, т. 2, с. 364.)
Царский министр народного просвещения П. А. Норов полагал, что "лучше отказаться от учености, нежели прививать отечеству нашему духовную заразу..." А попечитель Казанского учебного округа реакционер М. Л. Магницкий приказал собрать все анатомические препараты Казанского университета и предать их земле с выполнением соответствующих церковных ритуалов.
Но здоровое начало в науке брало верх. Рождались новые силы для сокрушения барьеров, выставляемых на пути совершенствования анатомии, о чем думал Е. О. Мухин. Роль могучего титана анатомической мысли выпала на долю Н. И. Пирогова.